Google Adsenseの広告ユニットは1ページあたり3つまでと決められています。このサイトのように、記事を最新のものから複数個表示している場合、最初のいくつかの記事の下部にだけ広告を表示しています。
方法はこのサイトを参考にしました。
まず、ダッシュボードから、メインインデックスのテンプレート(index.php)を選択します。
その中で、記事を繰り返し表示している部分を探します。
<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>
このようになっているところを以下のように変更しました。
<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); $post_counter++;?>
そして、広告ユニットを入れたい場所を探します。
<?php if ($post_counter <= 1) {
print <<<EOD
<script type
....
....
</script>
EOD;
そこに上記のように、取得したコードを print <<<EODとEOD;の間に入れて、完成です。(EOD;の前にはスペース等を入れないよう注意。)
$post_counterの最大値を指定することで、広告の表示回数を変更することができます。