Google Adsenseの広告ユニットは1ページあたり3つまでと決められています。このサイトのように、記事を最新のものから複数個表示している場合、最初のいくつかの記事の下部にだけ広告を表示しています。

方法はこのサイトを参考にしました。

まず、ダッシュボードから、メインインデックスのテンプレート(index.php)を選択します。
その中で、記事を繰り返し表示している部分を探します。

<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

このようになっているところを以下のように変更しました。

<?php if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post(); $post_counter++;?>

そして、広告ユニットを入れたい場所を探します。

<?php if ($post_counter <= 1) {
print <<<EOD
<script type
....
....
</script>
EOD;

そこに上記のように、取得したコードを print <<<EODとEOD;の間に入れて、完成です。（EOD;の前にはスペース等を入れないよう注意。）

$post_counterの最大値を指定することで、広告の表示回数を変更することができます。