WordPressのバックアップツールで使い勝手が一番良いと思われるBackWPupが先日バーション3になりました。その後3.0.6まで頻繁にアップデートがされました。さまざまな修正がされているようですが、確かにバックアップがされない場合もあり不安定でした。
一時はバージョン2系に戻そうかとも思いましたが、自分の環境（SugarSyncにバックアップを取るように設定）、では3.0.6でようやく安定してきたようです。
使いやすくてもバックアップされていないのでは意味が無いので、お困りの方はまずはアップデートをお試し下さい。