処理にかかる時間を計りたいときは以下のようにします。
どれくらい正確かは不明ですが、かなり細かく計測できます。

$start = microtime(TRUE);
//いろいろな処理
$stop = microtime(TRUE);
print ($stop-$start);

分単位または数十秒単位ならtime();でも可能です。

2015/1/28修正
microtime()の引数にTRUEを指定しました。デフォルトではFALSEが指定され、この場合、文字列として返されるため、引き算ができません。