PHPからsendmailを使ってメールを （メールフォームなどから） 送る際に、pop受信時のみ、改行がなぜか増えてしまうことがありました。Webメールなどではそういう現象なかったので調べてみましたが、改行コードの扱いの違いが原因らしいことがわかりました。
このサイトを参考に以下のように改行コードを修正、統一することで無事に解決しました。
$s = str_replace(array("\r\n", "\r"), "\n", $s);
例では文字列を$sとしています。上記の様に文字列中の改行コードを統一して対応しました。