ScanSnap以外で作成したPDFはScanSnap Organizerで開こうとすると「このPDFファイルはScanSnapで読み取りしたPDFファイルではありません。表示モードで開きます。」とエラーが出てしまします。

最後に保存したアプリケーションの情報でこのような表示が出るようです。

例えばOCRで検索テキスト埋め込みなら、ScanSnap附属のAdobe Acrobat Reader 9 でも可能です。ただし、OCRエンジンはScanSnap Organizerとは異なるようで、英数字の扱いや、処理速度などに個性があるようです。（こちら「ScanSnap S1500 の「OCR テキスト認識」に関する 15 の真実」に例があります。）

また、どうしてもScanSnap Organizerで編集したいときには、いったん別ファイルを作ってコピーする方法（「ScanSnapOrganizer以外で制作したPDFを読み込む方法」）や、PDFのプロパティを編集する方法（「 ScanSnapで作成されたPDFの情報を残したまま編集できるソフトについて」）などがあるようです。

参考にどうぞ。