Java（Java 7 update 10）で深刻なセキュリティ脆弱性があるようです。1/10頃に発表があり、Oracleからは13日にUpdate 11がリリースされました。Update 10まででは悪意あるウェブサイトにアクセスすると、PC内部のファイルが使用できなくなるなどの影響があると言うことです。
今回の問題はブラウザからJavaを実行できないようにすれば防げると言うことなので、「コントロールパネル」－「Java」のセキュリティタブの「ブラウザでJavaコンテンツを有効にする」のチェックボックスをオフにすることでとりあえずは防げます。
Java自体はOpen Officeなどで使用するライブラリなので、アンインストールは不便になると思いますので、とりあえずブラウザと連携させないようにするのが得策だと思います。もちろん、最新版にアップデートすることは忘れないようにしましょう。
ちなみに、JavaScriptとは全く別物です。お間違いのないように。