htmlのパースに便利なsimple_html_domはメモリリークのバグがある模様です。
適宜開放することが望ましいと思います。このサイトからの引用を下記に掲載します。

//対策版
$dom = new simple_html_dom;
$dom->load($strBuffer, true);
さまざまなDOM処理・・・
//使い終わったらclear
$dom->clear();

上記のようにインスタンスを作って処理後に明示的に開放することで対応します。