ところで、多くのデータベースで、レコードの追加、削除を繰り返すと、ファイルが肥大化してしまいます。（処理速度向上のため削除したレコードに削除フラグを立てるだけにすることが多いようです。）
SQLiteの最適化はVACUUMコマンドで行うことができます。

$link = sqlite_open('ファイル名', 0666, $error);
if (!$link) {
	die($error);
}
$sql = "VACUUM";
$flag= sqlite_exec($link, $sql, $error);
if (!$flag) {
	die($error);
}else{
	print('最適化完了');
}
sqlite_close($link);

ちなみに、SQLiteのバージョンの異なるとVACUUM後に読み込めなくなることもあるらしいので、必ずバックアップをとってから試してください。