set_time_limit(60);

（数値は制限時間、この場合は60秒）
0をセットすることで、制限なしにもできますが、さくらインターネットのライトでPHPを使う場合は無視されている様子です。
呼び出しごとにタイマーがリセットされるので、処理の途中で再度呼び出すことで制限時間を延ばすことができます。