ディレクトリの構造はこのような状態です。

+-fuel（インストール先）
  +-docs
  +-fuel
  +-app
  +-config
    config.php（これを編集）
  +-public（公開ルート）
    .htaccess（これを編集）
  +-その他

上記、app/config/config.phpとpublic/.htaccessを編集します。

config.php
45行目のコメントアウトされている行を有効にする。
//'index_file' => false,
↓
'index_file' => false,

.htaccess
13行目のコメントアウトされている行を有効にして、ディレクトリを変更 #RewriteBase /wherever/fuel/is
↓
RewriteBase /

29,30,31行目のコメントアウトされている行を有効にする。
#RewriteCond %{HTTP:X-Requested-With}    !^XMLHttpRequest$
#RewriteCond %{THE_REQUEST}                ^[^/]*/index\.php [NC]
#RewriteRule ^index\.php(.*)$            $1 [R=301,NS,L]
↓
RewriteCond %{HTTP:X-Requested-With}    !^XMLHttpRequest$
RewriteCond %{THE_REQUEST}                ^[^/]*/index\.php [NC]
RewriteRule ^index\.php(.*)$            $1 [R=301,NS,L]

以上で”index.php”を除いてアクセスできるはずです。