普通のメーラーであれば、すでにダウンロードしたメッセージはスキップして読み込みますが、メールボックスをバックアップから読み込んだ場合などは、重複してしまう場合があります。

Thunderbirdなら便利なアドインRemove Duplicate Messagesがあります。alternate版（置き換え版）がバージョンアップがマメな印象があるので、こちらを使っています。重複メッセージの検索方法も設定できるので、Message IDだけでは重複と判断されないときは時間がかかりますが、本文から検索することもできます。

gmailなどのWebメールはPC故障とは無縁ですが、まだまだメーラーの細やかさにはかないません。